L'analyse métaprotéomique pour la caractérisation du microbiome doit être amélioré au niveau de la génération de données par spectrométrie de masse afin d'obtenir le maximum d'informations utiles. Les résultats publiés par notre groupe en 2024 concernant la caractérisation d'échantillons fécaux à l'aide de la technologie Orbitrap-Astral ont permis d'identifier et de quantifier plus de 120 000 peptides en une seule acquisition DIA (Dumas et al., 2024) et constituent un point de départ. De nouveaux modes de fractionnement des échantillons, de nouveaux modes d'acquisition de données, des filtres supplémentaires tels que la mobilité ionique FAIMS et PASEF, et de nombreux paramètres pour l'acquisition de la spectrométrie de masse seront explorés à l'aide de modèles microbiologiques standardisés représentatifs afin de maximiser les résultats avec la dernière génération d'instruments. Les méthodes seront évaluées et leur robustesse sera documentée.
Les méthodes optimisées bénéficieront à tous les autres projets du consortium METAMIC3. Pour atteindre cet objectif, le doctorant sera engagé dans une collaboration interdisciplinaire avec d'autres chercheurs du consortium, testera des échantillons représentatifs des différents échantillons traités dans le projet METAMIC3 et participera avec les développeurs de logiciels afin de faire évoluer les outils pour une meilleure couverture en métaprotéomique.